어느 날 파스퇴르의 연구실로 한 양조업자가 찾아왔다.

그는 맥주와 와인이 식초처럼 시큼해져 팔 수 없게 됐다며 그 원인을 밝혀달라고 파스퇴르에게 부탁했다.

파스퇴르는 연구를 거듭한 끝에, 발효는 효모가 일으키고 산패는 초산균이 일으킨다는 사실을 발표했다.

또한 와인을 발효할 때 마지막 단계에서 일어나는 젖산 발효는 젖산균이 작용해서 일어난다는 사실도 알아냈다.

당시에도 이미 발효의 화학적 원리는 알려졌지만, 발효나 산패는 효모ㆍ젖산균ㆍ초산균이 작용하기 때문이 아니라 그냥 저절로 발생한다는 자연발생설을 믿고 있었다. 파스퇴르가 이를 뒤집는 발견을 한 것이다.

원인을 알았으니 이제 해법을 찾을 차례였다. 파스퇴르는 처음에 와인을 가열해 미생물을 사멸시키는 방법을 시도했다.

그러나 이 방법은 미생물을 사멸시키는 동시에 와인의 알코올과 풍미마저 날려버렸다.

풍미와 알콜을 보존하면서도 살균하는 방법을 찾아야 했다.

그 방법이 바로 저온살균법이다.

섭씨 60~65도 정도로 일정 시간 가열하면 웬만한 미생물을 없애면서도 와인의 알콜과 풍미를 지킬 수 있었다.

저온살균법을 이용하면 우유와 맥주도 장기 보관과 장거리 운송이 가능했다.

루이 파스퇴르와 그의 동료 베르나르는 액체 속의 병원균과 부패균을 부분적으로 살균하기 위해 100℃ 이하의 온도로 가열하는 저온 살균법을 처음 실시해 성공했고 이를 파스퇴라이제이션이라 명명했다.

이 발견으로 주류의 장기 보존과 우유 등의 기본 식품을 부패 없이 장거리 운송할 수 있게 됐고 인류의 식생활은 크게 개선되었다.

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100℃ 이하의 온도에서 수십 분 가열하는 방식으로, 약 60℃에서 30분 가열하는 것을 저온살균법이라고 한다. 

병원균 미생물인 곰팡이와 박테리아, 효모 등의 세균과 부패균과 바실러스 섭틸리스와 같은 변패균 등의 개체수를 감소시키고, 음식물 고유의 향을 보존하기 위하여 실행된다.

저온 살균법은 살균온도와 시간에 따라, 세 가지로 나눌 수 있다.

1) 65°C로 가열하고 30분 후 냉각하는 저온 장시간 처리(LTLT)법

2) 72°C에서 15초간 살균하는 고온 단시간 처리(HTST)법

3) 138°C 정도의 온도에서 적어도 2초 동안 살균하는 최고온 처리(UHT)법으로 분류한다.

이 중 최고온 처리법은 균을 감소시키는 차원의 살균이 아닌 거의 멸균에 가까운 살균법이라 할 수 있다.

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파스퇴르는 더 나아가 인간과 고등동물에게 발생하는 감염성 질환에까지 눈길을 돌렸다

파스퇴르는 뇌출혈로 쓰러져 몸이 불편한 가운데서도 연구를 이어간 끝에 동물 전염병인 탄저병과 닭콜레라, 광견병 백신을 개발했다.